研究还表明，在普洱茶渥堆发酵过程中，位阻大的表没食子儿茶素(EGCG)转变为位阻小的反式儿茶素(GCG)，其清除自由基的能力反而有所增强。因为从抗氧化活性比较中普洱茶提取物抗氧化活性显著高于绿茶，也可以解释为儿茶素的异构化有利于其抗氧化作用能力的提高。
20世纪80年代以来，人们对茶叶中类黄酮多聚体进行生化、药理的研究结果还发现，茶多酚类无论在加工过程或者提取分离过程，加热后均会发生氧化聚合，产生的寡聚体使分子共轭双键延长，并产生红移现象，吸收波长增大颜色加深。但由于这些寡聚体酚性羟基没有减少，共轭效应增强，电子对更偏向苯环，氢原子更易脱离而加强供氢能力，导致了寡聚体抗氧化，清除自由基效果的增强。多项动物和临床实验亦表明普洱茶的茶多酚充分氧化形成的茶色素(TB)同样具有很强的生理活性，因此普洱茶的抗氧化能力同样不低于绿茶及乌龙茶。
综上所述，可以认为在普洱茶原料生产过程中，由于杀青及干燥等工序已使多酚酶 (PPO)活性受到强烈抑制。普洱茶品质发生质变源于渥堆过程产生的生物热化学作用及贮存阶段的非酶促氧化作用。这可以从我们对普洱茶原料及渥堆过程中多酚氧化酶、抗坏血酸氧化酶及过氧化物酶活性的跟踪，发现其酶活性与儿茶素变化没有显著的相关关系，但儿茶素的变化却与渥堆中温度变化及微生物消长呈一定的相关关系。表明微生物中各种嗜热曲霉菌的大量繁殖促进茶堆温度上升，从而引起茶叶中儿茶素加快氧化聚合，使儿茶素大量减少。而没食子酸的形成和香气成分中二甲氧基苯等的增加则从另一个方面说明这种变化的不可逆事实。
四、湿热条件、蛋白质减少
普洱茶在渥堆中，茶叶中蛋白质水解使可溶性氨基酸含量在发酵初期有较大幅增加，但由于微生物水热作用时间较长，成品茶中氨基酸总量大幅下降，由鲜叶的210．30mg％减少到15．84mg％，相当于最初总量的1／10，但其组分相当完全，而且人体必须的氨基酸配比适当，使其保健功能与风味都得到较好的改善，特别是高级普洱茶爽滑的味道与氨基酸的适当保留很有关系。